详实的海图在手，强大的水师在训，但张俊深知，欲保海疆安宁、商路通畅，光是消极防御、坐等敌来是远远不够的。
辽阔的海面上，除了可能出现的蒙古袭扰船，更现实、更频繁的威胁，来自那些如附骨之疽、神出鬼没的海盗。
这些海盗成分复杂，有的是沿海破产渔民、逃亡罪犯纠结而成，有的是被剿灭的叛军残部，有的甚至与南洋某些小国贵族、部落首领有勾结，更有甚者，不排除其中混杂着蒙古或北方金国残余势力派出的奸细，以劫掠为掩护，行侦察、破坏、走私之实。
他们熟悉沿海水文，消息灵通，行动狡诈。
平时散处各个偏僻海岛、港湾，扮作渔民或商船。
一旦发现有机可乘——比如落单的商船、防守薄弱的沿岸村落、或押运粮饷的官船——便迅速聚集，驾着快船蜂拥而上，杀人越货，然后迅速分散，消失在海天之间。
其危害，不仅在于直接的财物损失和人员伤亡，更严重打击了海上贸易的信心，扰乱了沿海社会秩序，成为海防线上难以愈合的疮疤，也为其背后可能的更大势力提供了滋生的温床与情报来源。
不肃清海盗，则沿海不宁，商旅提心吊胆，水师亦难以集中精力应对未来可能的大敌。
因此，在全力备战、整饬水师的同时，一场针对海盗的严厉清剿行动，在张俊的统一部署下，于万里海疆同时展开。其方针可概括为：“水陆并进，剿抚兼施，除恶务尽，以儆效尤。”
首先，是情报先行，知己知彼。
张俊命令三大水师基地及各沿海州府，广泛发动渔民、船民、蜑户乃至商贾，悬赏征集海盗活动的情报。
对提供准确线索，协助官府抓获或歼灭海盗者，给予重赏，并严格保密。
同时，派出水师精锐，伪装成商船或渔船，在海盗经常出没的海域进行巡逻侦察，摸清其活动规律、藏身巢穴、接应据点。
水师内部的“水鬼队”也频繁出动，夜间潜近可疑岛屿，侦察地形和守备情况。
通过这些手段，逐渐编织起一张覆盖主要航线和近海区域的情报网，许多以往神出鬼没的海盗团伙，其行踪、规模、头目、老巢，开始被官府掌握。
其次，是重点清剿，水陆合围。
在掌握了较为确切的情报后，张俊不再犹豫，下令各水师，选择几股势力较大、为害最烈、或疑似有外部背景的海盗团伙，实施重点打击。
行动讲究突然、迅猛、彻底。
例如，针对盘踞在舟山群岛北部某荒岛，以“混海蛟”陈三为首，拥有大小船只二十余艘、匪众数百的一股大海盗，明州水师精心策划了一次联合行动。
先以数艘伪装成蕃商货船的大型战船为饵，在“混海蛟”团伙经常劫掠的航道上航行，故意露出破绽。贪婪的“混海蛟”果然中计，率主力船只前来围攻。
就在其接舷抢劫之际，埋伏在附近岛礁后的明州水师主力舰队突然杀出，十余艘快船切断其退路，数艘大型战船以旋风炮、弩箭覆盖攻击。
与此同时，另一支水师陆战队，乘坐小型船只，在“水鬼队”的引导下，于海盗老巢岛屿的另一侧隐蔽登陆，直扑其岸上营寨。
海盗船队遭受突然打击，阵脚大乱，企图逃回老巢，却发现老巢已被端，岸上火光冲天。
一场激战，“混海蛟”陈三被当场格杀，其船队大部被焚毁或俘获，匪众死伤惨重，余者皆降。
类似的战斗，在福建的湄洲湾外、在广东的上下川岛附近、在琼州海峡，接连上演。
水师不再满足于在海上驱逐或击溃海盗，而是力求直捣黄龙，彻底摧毁其陆上巢穴，缴获其囤积的物资，解救被掳掠的民众。对于俘虏的海盗，区分首恶与胁从。
罪大恶极的头目，公开处以极刑，首级传示各港口，以儆效尤。
普通胁从者，经甄别，确无大恶、且愿改过自新者，则编入“水师苦役营”，从事筑城、修船、开矿等重体力劳动，以观后效。
有特殊技能且诚心归顺者，甚至可经过严格考察后，吸收进水师戴罪效力。
再次，是断绝接济，釜底抽薪。
张俊深知，海盗难以根除，往往是因为他们在岸上有眼线、有销赃渠道、甚至有不法官吏、豪绅暗中庇护。
他严令沿海各州县，彻查与海盗有勾结的内应。
对为海盗提供粮食、淡水、兵器、情报，或为其销赃的商铺、窝主，一经查实，严惩不贷，家产抄没，主犯处斩。
鼓励百姓告发，对举报属实者给予重赏并保护。
同时，加强对沿海船只、人员的管理，实行更严格的“船引”制度，对出海渔船、商船进行登记，限制其前往敏感或无人海域，减少海盗获取补给和情报的渠道。
最后，是抚慰良善，以海民治海。
在武力清剿的同时，张俊也注重招抚。
发布告示，宣布对愿意悔过自新、主动前来自首的海盗，视情节可从轻发落，给予生路。
对于一些因生活所迫、或被裹挟为盗的渔民、船民，在剿灭其匪首后，妥善安置，分给田地、渔场，或招募入水师、水驿、船厂做工，使其有正当生计。
同时，整顿市舶司，简化手续，降低合法商船的税费负担，加强对合法商船的保护，鼓励水师为重要商船队提供护航，让海上贸易更安全、更有利可图，从根本上减少人们铤而走险为盗的动机。
在张俊的强力推动与周密部署下，这场持续了近一年的剿匪行动，取得了显着成效。
东南沿海，特别是主要贸易航线附近，数股为患多年的海盗团伙被连根拔起，公开处决的海盗头目首级悬挂在各大港口，震慑了其余蠢蠢欲动者。
海面为之一清，商船被劫掠的案件大幅下降。
许多以往因海盗肆虐而荒废的航线重新活跃起来，沿海渔民也敢到更远的海域捕鱼。
虽然不可能完全杜绝海盗，但至少，猖獗的势头被狠狠打了下去，海上秩序得到极大恢复。
商路通畅带来的最直接好处，便是市舶司收入的稳步增长。
蕃商们感受到航行的安全更有保障，更愿意前来贸易。
来自南洋、西洋的香料、珠宝、药材，以及来自国内的丝绸、瓷器、茶叶，在港口堆叠如山，关税收入源源不断地流入朝廷和沿海制置使司的府库，为水师建设、边关军饷提供了宝贵的财源。
剿灭海盗，不仅是一次军事清剿行动，更是一次成功的经济与治安治理，为南宋在面临北方巨大军事压力下，保住了至关重要的海上经济生命线，也让新组建的庞大水师，在实战中得到了锻炼，检验了战法，磨合了队伍。
当最后一支成规模的海盗船队在珠江口外被广州水师围歼的消息传来时，张俊站在明州港的炮台上，望着港湾内桅杆如林、日渐雄壮的水师舰队，心中稍感宽慰。
海疆初靖，商路复通，他手中的力量，又殷实了几分。
然而，他望得更远，知道真正的考验，或许尚未到来。
眼前的风平浪静，也许只是更大风暴来临前的短暂间隙。